
Mynd 1. Ættartré afbrigða SARS-CoV-2, byggt á erfðagögnum um breytileika í bindiprótíninu (S1), samþætt af Nextstrain-hópnum. Á x-ás er tími, frá upphafi faraldurs 2020 til nóvember 2021. Hver punktur er ein raðgreind veira, og línur tengja skyldar veirur (frá ættmóður vinstra megin til afkvæma hægra megin). Skilgreindu afbrigðin (alfa, beta, gamma o.s.frv.) eru lituð og ólíkar gerðir einnig auðkenndar með Nextstrain-nafni (20H - 20C). Ómíkron er rautt (21K) og á myndinni sést að tilfellin komu fram í nóvember 2021, og hafa flestar S1-breytingar af öllum þekktum afbrigðum.
Hvaðan kom ómíkron-afbrigðið?
Hægt er skipta þessari spurningu í tvennt: Hvar var ómíkron-afbrigðið fyrst greint, og hvaða ættmeiði tilheyrir það? Fyrsta tilfelli ómíkron var úr sýni frá Botsvana sem tekið var 11. nóvember. Það fannst einnig tíu dögum síðar í einstaklingi í Gauteng-héraði í Suður-Afríku. Hröð fjölgun tilfella í Gauteng og síðar Suður-Afríku, er talin að hluta til vegna afbrigðisins. Yfirvöld í Hollandi staðfestu þann 29. nóvember að ómíkron-afbrigðið væri komið þangað og 1. desember fannst það hérlendis. Hollendingar tilkynntu að sýni tekin 19. og 23. nóvember, væru einnig af ómíkron-afbrigðinu. Allt þetta, ásamt tölulegum greiningum lífupplýsingafræðingsins Trevor Bedfords og félaga, benda til að ómíkron hafi „orðið“ til í byrjun október, og breiðst til Evrópu og Bandaríkjanna seinni hluta nóvember. Á heimsvísu er aðeins lítið hlutfall sýna úr smituðum greint út frá sameindaprófi. Enn fremur er mikill minnihluti jákvæðra sýna raðgreindur að fullu. Samantekt The Washington Post á þessu ójafnvægi, byggt á gögnum GISAID, útskýrir þetta glögglega.[3] Á meðan 34.555.431 smit hafa verið staðfest með prófi á Indlandi, voru bara 74.279 þeirra raðgreind (0.2%). Meðal Afríkulanda stendur Suður-Afríka sig best, þar hafa 23.624 sýni af 2.952.000 jákvæðum sýnum verið raðgreind. Eins og fjallað var um í Kjarnanum,[4] er meira en helmingur íslenskra sýna raðgreindur (9.812 af 17.446, samkvæmt GISAID, 28. nóv. 2021). Þetta er ekki tilefni til að fagna íslenskum yfirburðum, heldur er dreifing ómíkron og annara afbrigða áminning um að við tilheyrum öll sömu veröld. Önnur spurning er, hvaðan kom ómíkron? Afbrigðið er ekki endurbætt delta eða beta, heldur sprettur það frá djúpri grein í ættartré veirunnar. Vísindamenn eru enn að reikna sennilegasta tréð, en svo virðist sem rót afbrigðisins sé frá því um miðbik ársins 2020. Vegna þess hversu lítið hefur verið tekið af sýnum í Afríku er mögulegt að það hafi þróast þar um skeið. Önnur tilgáta er að afbrigðið hafi orðið til í ónæmisbældum einstaklingi, og þróast hratt innan hans, til dæmis um margra mánuða skeið. Þriðja tilgátan er að veiran hafi hlaupið yfir í annað dýr, verið þar um tíma og svo stokkið aftur yfir í menn. Sú fjórða er að mergð stökkbreytinga megi rekja til galla í viðgerðarkerfi veirunnar. Síðasta tilgátan er ólíklegust en meiri gögn vantar til að sannreyna eða skera úr um sannleiksgildi hinna.Hefur ómíkron-afbrigðið meiri smithæfni eða víkur það sér undan mótefnum?
Nokkrir eiginleikar veira eru mikilvægastir fyrir áhrif þeirra á hýsla: smithæfni, geta til að víkja sér undan vörnum (mótefnum og fleira) og alvarleiki einkenna. Tveir fyrri eru ræddir hér. Upplýsingar um hin fjögur algengustu afbrigði SARS-CoV-2 sýna að aukin smithæfni fylgir ekki endilega hæfileika til að víkja sér undan mótefnum (2. mynd). Delta-afbrigðið er til dæmis með mestu smithæfni en er hlutleyst nokkuð vel af mótefnum. My, sem á ensku kallast Mu, er aftur á móti með mun lægri smithæfni, en víkur sér betur undan mótefnum. Eins og flestir vita er delta alvarlegra vandamál en my.
Mynd 2. Mismunandi eiginleikar afbrigða veirunnar, þ.e. smithæfni eða möguleiki til að sleppa frá mótefnum. Tilgreind eru fimm afbrigði veirunnar (alfa, beta, gamma, delta og my) og að auki upprunalega gerðin (e. ancestral). Á x-ásnum er smithæfni (R0) en á y-ásnum er sýnt hversu mikið meira þarf af mótefni til að hlutleysa (e. neutralizing) veiruna. Því hærra sem gildið er, því meira þarf af mótefni til að hlutleysa veiruna. Ekki eru til næg gögn ómíkron til að staðsetja það á þessu grafi, en miðað við fjölda breytinga er hætt við að það sitji ofarlega á y-ásnum.
Þetta er óljóst en mér sýnist þetta vera þannig að menn vilji hafa varann á og vilji ekki láta taka sig í bólinu. Það er betra að vera einu skrefi á undan og slaka þá á ef þetta er ekki mikið og vera þá tilbúnir, frekar en að vera að elta hana. Hún er sennilega komin víða myndi maður halda miðað við þær fréttir sem maður hefur fengið.Verkfærin til að hemja veiruna eru þekkt, sóttvarnir, samkomutakmarkanir, ferðatakmarkanir og skimanir. Veiran er ekki á útleið, og hvert einasta smit er nýtt tækifæri fyrir hana. Vegna þess hversu víða faraldurinn geisar og hversu ófullkomin vöktun á afbrigðum er, geta ný afbrigði orðið til, flust milli landa og náð fótfestu, jafnvel áður en viðvörunarbjöllur hringja. Á meðan veiran geisar einhversstaðar á jörðinni, ógnar hún öllum á jörðinni. Það eru mjög sterk rök fyrir því að gera bóluefni gegn veirunni aðgengileg alls staðar, með fjárhagslegum stuðningi Vesturlanda og þegna þeirra.
Samantekt
- Ómíkron-afbrigðið er með mun fleiri stökkbreytingar en önnur afbrigði.
- 32 af 50 breytingum hafa áhrif á bindiprótín veirunnar.
- Vísbendingar eru um að afbrigðið geti vikið sér undan mótefnum og sé mögulega einnig með mikla smithæfni.
- Sóttvarnir og aðgerðir eru ennþá bestu leiðirnar til að hamla framvindu ómíkron og faraldursins í heild.
- ^ Rannsóknir á stökkbreytingum sem hafa gefið afbrigðunum sína sérstöku eiginleika eru flestar, en ekki allar, bundnar við genið fyrir bindiprótínið.
- ^ Arfgerðin fékk fyrst vinnunúmerið B.1.1.529, samkvæmt Pango-ættfræðikerfinu, er kallað 21K í Nextstrain-kerfinu en fékk nafnið Omicron hjá WHO. Sjá meira um nafngiftir afbrigða í svari við spurningunni Hvaða nöfn á að nota um afbrigði SARS-CoV-2-veirunnar?
- ^ Berger, M. (2021, 28. nóvember). South Africa coronavirus sequencing: The country that found the omicron variant first leads Africa in sequencing. The Washington Post. (Sótt 6.12.2021).
- ^ Sunna Ósk Logadóttir. (2021, 2. desember). Ísland raðgreinir mest í heimi. Kjarninn. (Sótt 6.12.2021).
- ^ Chutel, L og Pérez-Peña, R. (2021, 2. desember). Omicron Variant Reinfects People Who Have Had the Coronavirus. The New York Times. (Sótt 6.12.2021).
- Sunna Ósk Logadóttir. (2021, 1. desember). Af hverju sleppti WHO tveimur stöfum gríska stafrófsins? Kjarninn. (Sótt 6.12.2021).
- Arnar Pálsson. (2021, 8.júní). Hvaða nöfn á að nota um afbrigði SARS-CoV-2-veirunnar? Vísindavefurinn. (Sótt 6.12.2021).
- Uriu, K., Kimura, I., Shirakawa, K., Takaori-Kondo, A., Nakada, T., Kaneda, A. (óbirt). Ineffective neutralization of the SARS-CoV-2 Mu variant by convalescent and vaccine sera. The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, So Nakagawa, Kei Sato. Handrit á BioRxiv. Aðgát, óritrýnt og ekki enn birt í viðurkenndu tímariti. (Sótt 6.12.2021).
- Jón Magnús Jóhannesson. (2020, 19. nóvember). Getur sá sem hefur læknast af COVID-19 orðið smitberi aftur? (Sótt 6.12.2021). Vísindavefurinn.
- Jón Gunnar Þorsteinsson. (2003, 6. nóvember). Get ég fengið að sjá gríska stafrófið? (Sótt 6.12.2021) Vísindavefurinn.
- Marsh, S. (2021, 1. desember). Severe Covid infection doubles chances of dying in following year, study finds. The Guardian. (Sótt 6.12.2021).
- Arch G. Mainous, A.G., Rooks, B.J, Wu, V. og Orlando, F.A. (2021, 1. desember). COVID-19 Post-acute Sequelae Among Adults: 12 Month Mortality Risk. Frontiers in Medicine. (Sótt 6.12.2021).
- Mynd 1: Fengin af Twitterþræði Trevor Bedfords. (Sótt 6.12.2021). Sjá líka hér: Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling. (Sótt 7.12.2021). https://twitter.com/trvrb/status/1464353245380243457/photo/1. (Sótt 3.12.2021).
- Mynd 2: Trevor Bedford. https://twitter.com/trvrb/status/1465364300936085506. (Sótt 6.12.2021). Íslenskur texti settur inn af ritstjórn Vísindavefsins. Myndin er unnin úr gögnum sem m.a. koma úr óbirtu handriti Uriu ofl. (Doi: 10.1101/2021.09.06.459005v1).