Hvaða nöfn á að nota um afbrigði SARS-CoV-2-veirunnar?

Nafn þitt

Netfang þitt

Netfang móttakanda

Ruslpóstvörn =

Svar

Hvaða nöfn á að nota um afbrigði SARS-CoV-2-veirunnar?
Veirur bera nöfn eins og aðrar tegundir lífvera sem hafa verið uppgötvaðar og skilgreindar. Nöfnin eru hugsuð til hægðarauka fyrir mennina, svo hægt sé að ræða og skrifa um veirurnar og eiginleika þeirra. Til að greina sundur afbrigði veirunnar SARS-CoV-2 voru búin til, eða aðlöguð, nokkur kerfi sem byggja á mismunandi hugmyndafræði. Eitt kerfið, kennt við Pango gengur út á að nefna afbrigðin út frá skyldleika í ættartré, með sífellt þrengri skilyrðum. Annað kerfið (Nextstrain) byggir á einfaldri flokkun eftir ættartré, en með aukaflokkun með áherslu á sérstakar breytingar sem gætu skipt máli. Þriðja gerðin er flokkun afbrigða út frá heilsufarsáhættu, samanber upplýsingar á vef Smitsjúkdómastofnunar Bandaríkjanna (e. Center for Disease Control and Prevention, skammstafað CDC). Kerfin verða útskýrð og síðan fjallað um mikilvægri gegnsærra nafna. Það leiðir okkur að nýjasta nafngiftarkerfinu, grísku afbrigðunum.

Veirur eins og SARS-CoV-2 mynda einföld ættartré. Hver veira á aðeins einn forföður, vegna þess að þær fjölga sér kynlaust.^[1] Frá því að SARS-CoV-2 barst yfir í menn seinni hluta árs 2019, hefur hún myndað margar ólíkar greinar. Greiningu afbrigða í ættartré er haldið til haga í hvort tveggja Pango- og Nextstrain-kerfunum. Aðgreiningu stofnanna má kortleggja með stökkbreytingum í veirunni. Flestar þeirra eru hlutlausar en einhverjar hafa áhrif á virkni hennar og gera hana, frá sjónarmiði manna, í versta falli hæfari í lífsbaráttunni. Slíkar stökkbreytingar eru í brennidepli í Nextstrain- og CDC-kerfunum.

1. Pango-kerfið. Í Pango-kerfinu er fyrsta greiningin eftir dýpri greinum í ættartré veirunnar. Þær eru skilgreindar með bókstöfum, A og B. Næst koma númer, aðskilin með punktum til að auðkenna ólíkar undirgreinar hvors hóps um sig (B.1 og B.2). Tölurnar þýða að afbrigði B.1. var skilgreint á undan B.2. Þessi merking raða númera gildir í öllu kerfinu. Ef nýjar gerðir finnast sem eru afkomendur B.1, þá kallast þær B.1.1 og B.1.2. og svo framvegis. Afbrigði sem kallast B.1.1.7 er þess vegna sjöunda afbrigðið sem er skilgreint sem afkomandi B.1.1. Það afbrigði er einmitt þekkt í almennu tali sem breska afbrigðið. Einungis eru skráð 4 stig á hvern ættmeið (B.1.1.28.1 en ekki til dæmis B.1.1.28.1.1.). Þess í staðinn er nýjum stofni sem aðgreinist frá ættmeið með fjórar tölur, gefinn nýr bókstafur og síðan númer þar undir. Þannig varð til afbrigðið P.1. úr B.1.1.28.1, en það er einnig þekkt sem brasilíska afbrigðið (og nú gamma).
2. Nextstrain-kerfið. Það byggir á samþættingu upplýsinga um skyldleika og stökkbreytingar sem taldar eru hafa áhrif á virkni veirunnar. Nöfnin eru samsett úr tölum og bókstöfum (til dæmis 20A) og síðan er bætt við auðkenni fyrir stökkbreytingar, ef þær eru til staðar. Til dæmis breytingin N501Y sem er í bindiprótíninu. N501Y, þýðir að basabreyting í erfðamengi veirunnar veldur því að týrósín amínósýra kemur í stað asparssýru á stað 501 í bindiprótíninu. B.1.1.7. afbrigðið heitir 20I/501Y.V1 í þessu kerfi. Sumar alvarlegar breytingar, eins og N501Y hafa fundist á nokkrum greinum ættartrés veirunnar (20I/501Y.V1 - B.1.1.7, afbrigði kennt við Bretland, 20H/501Y.V2 - B.1.351, afbrigði kennt við Suður-Afríku og 20J/501Y.V3 - P.1 sem er kennt við Brasilíu). Kostur þessa kerfis er að það getur auðkennt og aðgreint afbrigði sem þessi, og bent á sameiginleg einkenni þeirra. Vandamálið er að erfitt er að vita hvaða stökkbreytingar skipta máli fyrir fjölgunarhæfni eða smithæfni veirunnar, nema með greiningum á smitstuðlum eða líffræðilegri virkni veirunnar. Slíkt tekur tíma, og þá fær afbrigðið nafn löngu eftir að það „fæðist“.
3. Kerfi kennt við CDC. Frá heilbrigðissjónarmiði skiptir mestu hvort afbrigði myndist sem hafi sérstaka eiginleika, til dæmis smiti betur, sleppi undan ónæmissvari (vegna fyrri sýkingar eða bólusetninga), ónæmi gagnavart mótefnameðhöndlun, lengri fasi duldrar sýkingar eða aukin dánartíðni. CDC flokkar afbrigði veirunnar í þrjá misalvarlega flokka sem kallast: áhugaverð afbrigði (e. variant of interest, VOI), varhugaverð afbrigði (e. variant of concern, VOC) og sérlega varhugaverð afbrigði (e. variant of high convern, VOHC). Afbrigði lenda í fyrsta flokknum (VOI), ef vísbendingar eru um að þau hafi einhverja af þessum eiginleikum: Betri bindingu við viðtaka, veiran hlutleysist treglega af mótefnum (vegna fyrri sýkinga eða bólusetninga), breytileiki minnki notagildi meðferða eða greiningarprófa, eða leiði til aukinnar smithættu eða verri sjúkdómseinkenna. Einnig skiptir máli ef afbrigðið eykst hratt í tíðni í stofni, er tengt afmarkaðri hópsýkingu, eða ef afbrigðið hefur merkjanlega útbreiðslu eða tíðni í Bandaríkjunum^[2] eða í öðrum löndum. Annar flokkurinn (VOC) inniheldur svokölluð varhugaverð afbrigði. Um þau gildir að breytileikar innan afbrigðis auki smithæfni, valdi alvarlegri sjúkdómi eða minni vörn mótefna gegn veirunni, eða minni notagildi meðferða, bóluefna eða greiningaraðferða. Þriðji og síðasti flokkurinn er fyrir sérstaklega varhugaverð afbrigði, sem myndu valda alvarlegri sjúkdómi eða jafnvel sleppa nær alveg frá mótefnum (hvort sem væri frá fyrri sýkingu eða vegna mótefnis). Ekkert afbrigði er í þessum flokki, en tæp tylft í hvorum hinna.

Nafngiftarkerfin eiga það sameiginlegt að vera hönnuð af vísindafólki fyrir þeirra vinnu. Þau er tæknilegs eðlis og geta framkallað fræðidoða meðal leikmanna, þar sem fólk missir þráðinn þegar setningar innihalda of mörg framandi orð. Því hafa fréttamenn og aðrir iðulega notast við nöfn landa frekar en slík fræðiheiti, rétt eins og okkur er tamara að tala um bleikjuna en Salvelinus alpinus. Þannig var stundum talað um Kína-veiruna (SARS-CoV-2) eða breska afbrigðið (B.1.1.7.), suður-afríska afbrigðið (B.1.351) eða brasilíska afbrigðið (P.1). Nafngiftir sem byggja á uppruna afbrigða í ákveðnu landi eru hins vegar óheppilegar, því þær endurspegla hvorki líffræðilegan raunveruleika né miðla sérstökum upplýsingum.

Eins og við vitum þá geta stökkbreytingar orðið á veirunni hvar sem hún nær að fjölga sér, og því er mikilvægt að hemja faraldurinn á heimsvísu og bólusetja nær alla heimsbyggðina. Veiran nýtir sér ferðagleði fólks, eins og sást sérlega skýrt í upphafi faraldurs, en einnig þegar fyrrgreind afbrigði hafa breiðst út um jörðina. Greining afbrigða í vissum löndum getur verið vegna mikillar sýnatöku, fjölda smitaðra eða hreinlega tilviljun. Afbrigðin sem upp hafa verið talin að ofan eru þau sem best hafa verið rannsökuð og skilgreind, en vera kann að önnur afbrigði hafi orðið til í öðrum löndum en eigi eftir að breiðast um heimsbyggðina. Að auki hafa nöfn byggð á vísun í landsvæði ýtt undir fordóma, til dæmis gagnvart fólki af asískum uppruna í Bandaríkjunum.^[3]

Nýlega var kynnt ráðagerð um að gefa afbrigðunum almennari heiti sem byggir á gríska stafrófinu, í stað vísindalegra skammstafana eins og þeirra sem lýst var að ofan. Samkvæmt því kerfi kallast B.1.1.7. alfa (e. Alpha). Það er óskandi að þetta nýja kerfi auðveldi fólki að ræða um afbrigðin og eiginleika þeirra, án þess að falla í gildrur fordóma eða fræðidoða.

Nafn WHO	Pango-grein	GISAID-grein/hópur	Nextstrain-grein	Fyrsta greinda tilvik	Hvenær skilgreint
alfa	B.1.1.7	GRY (áður þekkt sem GR/501Y.V1)	20I/S:501Y.V1	Bretland, sept. 2020	18. des. 2020
beta	B.1.351	GH/501Y.V2	20H/S:501Y.V2	Suður-Afríka, maí 2020	18. des. 2020
gamma	P.1	GR/501Y.V3	20J/S:501Y.V3	Brasilía, nóv. 2020	11. jan. 2021
delta	B.1.617.2	G/452R.V3	21A/S:478K	Indland, okt. 2020	VOI: 4. apríl 2021 - VOC: 11. maí 2021

Tafla 1. Nöfn sérstakra afbrigða SARS-CoV-2-veirunnar, fengin af vef WHO.

Samantekt.

• Nokkur nafngiftarkerfi eru notuð til að lýsa ættartré og eiginleikum veirunnar.
• Nýju kerfi er ætlað að gera upplýsingagjöf um veiruafbrigðin betri.

Tilvísanir:

1. ^ Endurröðun er mjög sjaldgæf í kórónuveirum.
2. ^ Kerfið er hannað af CDC sem er bandarísk stofnun.
3. ^ Spit On, Yelled At, Attacked: Chinese-Americans Fear for Their Safety - The New York Times. (Sótt 7.6.2021).

Heimildir:

• CDC. (2021). SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. (Sótt 7.6.2021).
• WHO. Tracking SARS-CoV-2 variants. (Sótt 7.6.2021).
• Tavernise, S. & Oppel, R. A. (2020, 23. mars). Spit On, Yelled At, Attacked: Chinese-Americans Fear for Their Safety. The New York Times. (Sótt 7.6.2021).
• Rambaut A. o.fl. (2020). A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nature Microbiology, 5, 1403-1407. (Sótt 7.6.2021).
• Pango Network. Statement of Nomenclature Rules. (Sótt 7.6.2021).
• CoVariants. (Sótt 7.6.2021).

Myndir:

• Pango lineages. (Sótt 7.6.2021).
• COVID-19 Pandemic - Brazil | A man wearing a protective mask… | Flickr. (Sótt 7.6.2021). Myndina tók Raphael Alves og hún er birt undir leyfinu Creative Commons — Attribution-NonCommercial-NoDerivs 2.0 Generic — CC BY-NC-ND 2.0.

Ein af upprunalegu spurningunu hljóðaði svona:

Fyrst það 'má ekki' tala um Wuhan-veiruna (hvað þá Kínaveiruna!), hvers vegna er þá samt allt í lagi að tala um „breska“ afbrigðið?!

...