Til eru heimildir um að Jón Arason hafi skrifað Þýskalandskeisara, sem var nærtækasti málsvari kaþólsku kirkjunnar í Evrópu. Eftir lát Jóns héldu andstæðingar hans því fram að hann hefði ætlað að svíkja Ísland undan Danakonungi í hendur þýska keisarans. Þetta hefur þó aldrei verið sannað. En fyrir hvaða málstað var Jón biskup að berjast?
Um þetta hafa verið ólíkar skoðanir. Meðan Íslendingar voru að berjast fyrir sjálfstæði undan danskri stjórn, á 19. öld og fyrri hluta 20. aldar, töldu menn almennt að Jón hefði einkum verið að berjast fyrir landsréttindum Íslands. Lútherstrú merkti að konungar urðu æðstu yfirmenn kirkjunnar; kirkjan varð að ríkisstofnun. Á Íslandi var konungsvaldið danskt, þannig að danskt vald yfir Íslandi hlaut að aukast við siðaskiptin. Eftir að sjálfstæðisbaráttunni lauk fóru fræðimenn að halda því fram að biskup hefði auðvitað verið að berjast fyrir því sem hann taldi vera rétta trú og fyrir valdi þeirrar kirkju sem hann þjónaði. Samt sem áður er eins og Jón biskup hafi litið á baráttu sína einkum sem baráttu milli Íslendinga og Dana. Það kemur víða fram í því sem biskup orti um sjálfan sig, til dæmis:
Öllum þótti hann ellidjarfur,Eftir andlát Gissurar Einarssonar árið 1548, hóf Jón Arason gagnárás á lútherskuna í Skálholtsstifti og lét jafnframt víggirða biskupssetrið á Hólum. Þá ákvað konungur loks að losa sig við þennan þrjóska uppreisnarbiskup. Árið 1549 skrifaði hann Daða Guðmundssyni sýslumanni í Snóksdal í Dalasýslu og bað hann að handtaka Jón biskup. Daði treysti sér þó sýnilega ekki til þess að fara norður að Hólum og Jón biskup var því ekki handtekin. Haustið 1550 gerði biskup þá skyssu að fara vestur í Dali með tveimur sonum sínum og litlu liði til þess að stefna Daða Guðmundssyni fyrir rétt. Daði réðist að þeim með ofurefli, lét handtaka þá og flytja suður í Skálholt. Öll skip á leið til Danmerkur voru farin það árið, svo ekki var hægt að koma þeim umsvifalaust til konungs. Í Skálholti óttuðust menn að Norðlendingar mundu reyna að frelsa biskup sinn. Því var það ráð tekið að hálshöggva Jón biskup og syni hans 7. nóvember 1550. Um veturinn kom í ljós að óttinn við Norðlendinga hafði ekki verið ástæðulaus. Í janúar komu suður um 60 menn og drápu alla Dani sem þeir fundu, hvort sem þeir höfðu átt þátt í aftöku Hólafeðga eða ekki. Vorið 1551 sendi konungur tvö herskip til Norðurlands með 300 manna liði, og hvarf þá öll andstaða gegn siðaskiptum. Sem pólitísk bylting höfðu þau sigrað á Íslandi. Sem hugarfarsbreyting átti Lútherstrú enn langa og torsótta leið eftir. Frekara lesefni á Vísindavefnum:
Ísalandi næsta þarfur
og miklu megna.
- Af hverju urðu siðaskiptin hér á Íslandi? eftir Hjalta Hugason
- Hvernig er hægt að rökstyðja að allir Íslendingar séu komnir af Jóni Arasyni? eftir Gísla Gunnarsson
- Var böðull Jóns Arasonar íslenskur glæpamaður eða danskur embættismaður? eftir Jón Gunnar Þorsteinsson
- Hvaða bækur voru prentaðar í prentsmiðju Jóns Arasonar biskups? eftir Einar G. Pétursson
- Guðbrandur Jónsson: Herra Jón Arason. Reykjavík, Hlaðbúð, 1950.
- Gunnar Karlsson: „Íslensk þjóðernisvitund á óþjóðlegum öldum.“ Skírnir CLXXIII (1999), 141–78.
- Páll Eggert Ólason: Menn og menntir siðskiptaaldarinnar á Íslandi I–II. Reykjavík, Bókaverzlun Guðm. Gamalíelssonar, 1919–22.
- Tryggvi Þórhallsson: Gissur biskup Einarsson og siðaskiptin. Reykjavík, börn höfundar, 1989.