Leyniþjónustum bandamanna tókst hins vegar að ráða dulmálslykil japanska flotans um þetta leyti og var því ljós öll hernaðaráætlun Japana. Þeir vissu því um allan flotastyrk þeirra og hvar herskip þeirra voru staðsett á hverju augnabliki. Bandaríkjamenn höfðu þó átt erfitt með að ákvarða hvort Midway eða Aleutia-eyjarnar væru aðalskotmarkið. Ungum liðsforingja, Jasper Holmes, datt þá það snjallræði í hug að láta yfirmenn hersins á Midway kalla eftir aðstoð við vatnsöflun og segja á óbrenglaðri ensku að vatnshreinsibúnaðurinn væri bilaður. Stuttu síðar sendi japanski kafbáturinn I-168 tilkynningu um að skotmarkið ætti við vatnsskort að etja. Þetta gerði Bandaríkjamönnum kleift að safna flotastyrk sínum saman og ráðast á flugmóðurskipaflota Japana á meðan mestallur floti þeirra, þar á meðal þrjú flugmóðurskip, var of fjarri til að geta veitt aðstoð. Chester Nimitz aðmíráll hafði þá einungis flugmóðurskipin Hornet og Enterprise en með ótrúlegu harðfylgi tókst viðgerðarliði flotans að gera flugmóðurskipið Yorktown bardagahæft, rúmum tveimur dögum eftir að það hafði nánast verið gereyðilagt í orrustunni á Kóralhafi. Nimitz sendi þá bandaríska flotann um 350 mílur norðaustur við Midway þar sem hann átti að bíða færis. Þetta gátu þeir gert það snemma að kafbátar Japana náðu ekki að komast í varðstöður sínar á milli Perluhafnar og Midway. Það er athyglisvert að njósnastöðvar Japana urðu varar við það að flugmóðurskip þeirra höfðu haldið á haf út frá Perluhöfn en þeim upplýsingum var ekki komið áleiðis til Yamamotos aðmíráls vegna strangs loftskeytabanns vegna flotaleiðangursins! Sjóorrustan hófst svo 3. júní með því að sprengjuflugvélar frá Midway gerðu misheppnaða árás á japanska flotann sem var þá staddur um 220 mílum suðvestan við þann bandaríska. Árla næsta morgunn svöruðu japönsku flugvélarnar heiftarlega fyrir sig og nánast eyðilögðu öll hernaðarmannvirkin á eyjunum á meðan sprengjuvélar Bandaríkjamanna gerðu enn og aftur misheppnaðar árásir á japanska flotann. Japönsku flugmóðurskipin voru í þann mund að senda sprengjuvélar sínar í síðari árás sína á Midway þegar þeir áttuðu sig á nærveru óvinaflotans. Chuichi Nagumo varaaðmíráll fyrirskipaði að hætt skyldi við að senda vélarnar til árása á Midway en beina þeim heldur gegn óvinaflotanum. Japanir hófu í óða önn að reyna að útbúa flugvélar sínar með sprengjum, tundurskeytum og eldsneyti en nú var orðið allt of seint að bregðast við. Frank Fletcher aðmíráll hafði gefið fyrirskipun um árás frá flaggskipi sínu Yorktown. Japönsku orrustuvélunum „Zeke” tókst þó nærri að gereyða bandarísku „Devastator” tundurskeytavélunum sem gerðu fyrstar árás klukkan 9:20, en við það höfðu þær orðið að elta flugvélarnar niður að haffletinum. Þetta varð til þess að „Dauntless” steypiflugvélar flotans sem komu í kjölfar tundurskeytavélanna þurftu ekki að kljást við neinar orrustuvélar. Steypivélarnar höfðu nánast villst af leið en tókst fyrir heppni að finna flota Japana. Flugmóðurskipin urðu nú stöðugt að reyna að víkja sér undan aðvífandi sprengjum á sama tíma og þau reyndu að koma flugvélum sínum í loftið. Afleiðingin varð sú að flugmóðurskipin Akagi, Kaga og Soryu eyðilögðust.
Síðar sama dag skaddaðist fjórða flugmóðurskipið Hiryu svo mikið að það sökk daginn eftir. Óförum Japana við Midway var þó ekki lokið því sama dag var Mikuma, þungu beitiskipi þeirra, sökkt. Flugvélum Hiryu hafði þó tekist að laska bandaríska flugmóðurskipið Yorktown svo mikið að áhöfn þess yfirgaf það. Við það tók aðmírállinn Raymond Spruance, á flugmóðurskipinu Enterprise, við stjórn flotans og hlaut síðar mestan heiðurinn af sigri Bandaríkjamanna við Midway. Það kom í hlut japanska kafbátsins I-168 undir stjórn kafbátaforingjans Yahachi Tanabe að sökkva flugmóðurskipinu og tundurspillinum Hamman sem gætti þess. Þetta gerðist 6. júní. Það var gráglettni örlaganna því það var loftskeyti frá þessum sama kafbáti sem gerði Bandaríkjamönnum kleift að ráða endanlega í dulmál Japana. En með því að sökkva hinu 19.875 tonna Yorktown hafði kafbátnum tekist að sökkva stærsta feng japanskra kafbáta til þessa. Raunar urðu þetta einu skipin sem kafbátnum tókst að sökkva í stríðinu.
- Hvað gerði Japaninn Hideki Tojo í seinni heimsstyrjöldinni? eftir Hrannar Baldvinsson
- Hvernig töpuðu Þjóðverjar seinni heimsstyrjöldinni? eftir Skúla Sæland
- Hversu mörgum íslenskum skipum var sökkt í seinni heimsstyrjöldinni? eftir Skúla Sæland
- Rohwer, Jürgen: Axis Submarine successes of World War Two. German, Italian and Japanese Subarine Successes, 1939-1945, Naval Institute Press, Annapolis, Maryland, Annapolis 1999.
- Vefsetrið Encyclopædia Britannica: Battle of Midway
- Vefsetur BBC: The Battle of Midway
- Vefsetrið Naval Historical Center: Battle of Midway
- Vefsetrið Wikipedia: Battle of Midway, Nagumo Chuichi og Raymond A. Spruance.
- Vefsetrið www.combinedfleet.com: I-168.
- Vefsetrið www.ww2pacific.com: Japanese Submarines at Pearl Harbor
- Yorktown