Landsbókavörður
Jón var ráðinn bókavörður Stiftsbókasafnsins árið 1848 en þá var það til húsa á Dómkirkjuloftinu. Þegar safnið flutti síðan í hið nýreista Alþingishús árið 1881 fékk það titilinn Landsbókasafn Íslands og Jón varð fyrsti Landsbókavörður Íslands. Hann gegndi því starfi til ársins 1887. Fyrstu árin áttu laun hans að vera greiðsla frá lánþegum safnsins en þar sem fæstir þeirra borguðu varð kaupið aldrei hátt. Jón lét sér þó annt um safnið enda hafði hann bæði mætur á bókum og var glöggur á þær. Á starfstíma hans stækkaði safnið verulega en mest var það vegna bóka- og handritagjafa. Á bréfaskiptum Jóns og vina hans út um allt land sést að hann var óþreytandi við að biðja um bækur handa safninu.Þjóðminjavörður
Jón bað fólk einnig að senda forngripi til forngripasafnsins en hann átti nokkurn þátt í því að Forngripasafn Íslands var stofnað árið 1863. Þann 24. febrúar það ár færði Jón Árnason stiftsyfirvöldum bréf frá Helga Sigurðssyni á Jörfa í Kolbeinsstaðahreppi þar sem hann býðst til að gefa Íslandi 15 gripi með þeirri ósk „að þeir verði fyrsti vísir til safns íslenskra fornmenja“ en íslenskir forngripir höfðu áður mikið verið fluttir úr landi. Gjöfin var þegin og Jóni Árnasyni falin umsjón safnsins en hálfu ári seinna fékk hann að ráða Sigurð Guðmundsson málara (1833-1874) sem annan umsjónarmann. Sigurður hafði fyrstur sett fram hugmynd um stofnun forngripasafns og saman veittu þeir safninu forstöðu þar til Sigurður lést 1874. Jón gegndi starfi forstöðumanns til ársins 1881 en það var ekki fyrr en 1911 sem nafni safnsins var breytt í Þjóðminjasafn Íslands.Biskupsritari
Það var árið 1856 sem Jón gerðist skrifari biskups. Í því starfi gekkst hann fyrir því að biskup sendi öllum prestum og próföstum landsins bréf þar sem farið var fram á að þeir létu gera skrá yfir allar bækur eldri en frá 1781 sem til væru í sóknum þeirra. Þessar skrár eru nú varðveittar í handritasafni Landsbókasafns Íslands – Háskólabókasafns en þær hafa vafalaust gefið Jóni góða yfirsýn yfir fágætar bækur og hjálpað honum við bókaöflun bæði fyrir safnið og sjálfan sig. Starfi biskupsskrifara gegndi Jón til ársins 1867 er hann gerðist umsjónarmaður við latínuskólann.Umsjónarmaður
Í starfi umsjónarmanns Lærða skólans í Reykjavík fólst bæði bókavarsla og umsjón með nemendum sem bjuggu í skólanum auk þess sem nú myndi vera kölluð fjármálastjórn. Þessu starfi gegndi Jón til ársins 1879, er það var lagt niður, en þá sendu íslenskir námsmenn í Kaupmannahöfn honum fallegt ávarp sem sýndi virðingu þeirra og þakklæti. Margir skólapiltar urðu hjálparmenn Jóns við þjóðsagnasöfnun hans, bæði á meðan þeir stunduðu nám og eftir að þeir voru orðnir embættismenn (oftast prestar) víða um landið. Um þjóðsagnasöfnun Jóns Árnasonar er fjallað í svari við spurningunni Hvenær fór Jón Árnason að safna þjóðsögum? Heimildir og myndir:- „Eftirfylgjandi viðurkenningarbréf ...“ Þjóðólfur 15. október 1879, bls. 108.
- Jón Árnason: [Drög að sjálfsævisögu] Úr fórum Jóns Árnasonar. Sendibréf I. Finnur Sigmundsson bjó til prentunar. Reykjavík: Hlaðbúð, 1950, bls. 9–15.
- Pálmi Pálsson: „Æviágrip Jóns Árnasonar landsbókavarðar.“ Andvari 17. árg. 1. tbl. 1891, bls. 3–24.
- Mynd af Jóni Árnasyni: Jón Árnason.jpg - Wikipedia, frjálsa alfræðiritið. Sótt 18. 4. 2017).
- Mynd frá Reykjavík: Reykjavik 1860s.jpg - Wikimedia Commons. (Sótt 27. 4. 2017).