Stefán tók mikinn þátt í félagsmálastarfi bæði í sveit sinni og á landsvísu. Hann var oddviti sveitarfélagsins, sparisjóðsformaður, sýslunefndarmaður og amtsráðsmaður, búnaðarþingsfulltrúi, formaður Framfarafélags Arnarneshrepps og hafði forgöngu um stofnun nautgriparæktarfélags og rjómabús í heimabyggðinni. Hann var frumkvöðull að stofnun Hins íslenska náttúrufræðifélags og má telja hann öðrum fremur föður Náttúrugripasafnsins. Hann var einn af þremur frumkvöðlum að stofnun Ræktunarfélags Norðurlands árið 1903 og lengi formaður. Árið 1900 var hann kjörinn á þing fyrir Skagfirðinga og sat á þingi til 1915. Lét hann til sín taka þar á mörgum sviðum og var talinn víðsýnn framfaramaður sem þó gætti hófs. En líkt og námsferli hans lauk snögglega, þá lauk kennsluferli hans á Möðruvöllum skyndilega þegar skólahúsið brann árið 1902. Upp úr því var skólinn fluttur til Akureyrar og tók Stefán við stjórn Gagnfræðaskólans á Akureyri 1908, þá 45 ára. Hann rak hins vegar búskap á Möðruvöllum til 1910 þó hann og fjölskylda hans væru þá fyrir nokkru flutt til Akureyrar. Það er ekki fyrr en 1913 sem Stefán sendi loks frá sér kennslubók í grasafræði, og hafa annir og vandvirkni eflaust valdið því að þetta dróst svo lengi. Kennslubókin nefnist Plönturnar, og þar eins og í Flóru Íslands nýtur frábær orðsnilld og smekkvísi í orðasmíð sín afar vel. Stefán naut mikils stuðnings af Steinunni konu sinni, og áreiðanlega mæddi mikið á henni á búskaparárunum á Möðruvöllum þegar bóndi var langtímum fjarverandi. Þau eignuðust tvö börn, Valtý Stefánsson ritstjóra og Huldu Á. Stefánsdóttur skólastýru. Heilsa hans stóð oft völtum fótum. Eftir aldamótin lá hann oft stórlegur svo tvísýna var um líf hans. Framan af þjáðist hann af slæmu hálsmeini, en síðar tók hann að kenna meinsemdar í höfði, er að lokum leiddi hann til bana. Veturinn 1919 fékk hann orlof frá störfum og dvaldi sér til heilsubótar í Kaupmannahöfn. Hann kom aftur til kennslu haustið 1920 en veiktist hastarlega í desember og lést 20. janúar 1921, 57 ára að aldri. Stefán Stefánsson hefur verið titlaður grasafræðingur, kennari og skólameistari. Augljóslega má skipta æviferli Stefáns í þrjú tímabil; í fyrsta lagi æsku- og námsárin frá 1863-1887 (grasafræðingurinn), þá rannsókna-, félagsmála- og kennsluárin á Möðruvöllum 1887-1902 (kennarinn) og loks þingmennsku-, kennslu- og skólastjórnarárin á Akureyri frá 1900-1921 (skólameistarinn). Segja má að vísindaferill Stefáns sé að mestu á Möðruvallatímanum 1887-1902. Eftir það sveigjast störf hans að öðrum málum og hann skrifar:
Landsmálaþref eða pólitík og bótaník eiga ekki samleið, eða svo reyndist mjer, önnur hvor sú hefðarmey varð að víkja, og illu heilli varð hin gamla ástmey mín, botaníkin, fyrir því.Enda þótt Stefán tæki aldrei lokapróf í fræðigrein sinni vann hann vísindalegt afrek sem mun halda nafni hans á lofti hér á landi um ókomna framtíð. Grasatalið í Flóru Íslands ásamt orðasmíð og plöntuheitum í þeirri bók munu halda nafni Stefáns Stefánssonar á lofti. Steindór Steindórsson frá Hlöðum, einn nemenda Stefáns, skrifaði ritgerð í tilefni af aldarafmæli Stefáns árið 1963 og þar stendur:
Hann var fyrirmyndarbóndi og félagsmálafrömuður í sveit sinni, skörulegur og víðsýnn alþingismaður, kennari og skólastjóri með þeim ágætum, að fátítt er, en þó er það svo að þessi störf munu fyrnast, og mörg þeirra eru það nú þegar, og er það ekki nema lögmál lífsins um allan þorra daglegra starfa vorra. En um vísindastörf Stefáns er hægt að fullyrða, að þau munu ekki fyrnast svo lengi, sem nokkur maður leggur stund á íslenska grasafræði og sú fræðigrein verður kennd á íslenskri tungu. Ekki hefur Stefán þó skrifað nein kynstur um þessi efni. Ein dálítil bók, nokkrar stuttar ritgerðir í tímaritum og kennslubók er allt, sem eftir hann liggur prentað um þau efni. En vísindarit verða ekki mæld eftir blaðsíðufjölda, heldur því hvernig þau eru unnin, hvað nýtt þau hafi að færa og hversu haldgott efni þeirra sé.Frekara lesefni á Vísindavefnum:
- Hver var Sveinn Pálsson og hvert var framlag hans til vísindanna? eftir Sigurð Steinþórsson
- Bjarni E. Guðleifsson, 2001. Stefán Stefánsson grasafræðingur, kennari og skólameistari 1863-1921. Náttúrufræðingurinn 70, 119-126.
- Eyþór Einarsson, 1964. Grasafræðingurinn Stefán Stefánsson. Náttúrufræðingurinn 13, 97-112.
- Eyþór Einarsson, 2001. Grasafræðirannsóknir og ritstörf Stefáns Stefánssonar, einkum Flóra Íslands. Náttúrufræðingurinn 70, 127-132.
- Steindór Steindórsson frá Hlöðum, 1963. Stefán Stefánsson skólameistari – Aldarminning. Ársrit Ræktunarfélags Norðurlands 60, 1-128 og Flóra 1, 1-128.
- Steindór Steindórsson frá Hlöðum, 1986. Rannsóknarferðir Stefáns Stefánssonar skólameistara. Bókaútgáfa Menningarsjóðs, 132 s.
- Steindór Steindórsson, 1978. Íslensk plöntunöfn. Bókaútgáfa Menningarsjóðs. 207 bls.
- Mynd af Stefáni Stefánssyni: Úr einkasafni Guðrúnar Jónsdóttur.
- Mynd af síðu úr handriti: Í grein Eyþórs Einarsson í Náttúrufræðingnum, 2001.