Indjánar vonuðust líka til þess að hljóta stuðning yfirvalda með því að taka þátt í stríðinu. Með því gætu þeir hugsanlega bundið enda á kynþáttamisrétti og stöðuga nauðungarflutninga ættflokkanna vestur á bóginn. Reyndin varð aftur á móti sú að borgarastríðið reyndist síðasta átak indjánanna til að halda aftur af útþenslu Bandaríkjanna vestur á bóginn. Bandarísk yfirvöld héldu áfram „friðunar-” og útþenslustefnu sinni gagnvart frumbyggjum Ameríku þrátt fyrir stríðið og má nefna sem dæmi Apache- og Navajo-stríðin (1861-1886). Norðurríkin voru mun öflugri en Suðurríkin á flestum sviðum. Suðurríkjamönnum varð því ljóst að eina von þeirra til að vinna stríðið væri með snöggri sókn og hertöku Washington, höfuðborgar Bandaríkjanna. Þetta var góður möguleiki því að her Sambandsríkisins var öflugri og betur þjálfaðri auk þess sem stutt var til Washington. Til þess að minni ógn væri á öðrum víglínum var Suðurríkjamönnum því í mun að tryggja stuðning eða í það minnsta hlutleysi frumbyggjanna. Bæði Bandaríki Norður-Ameríku og Sambandsríki Suðurríkjanna, biðluðu því til indjánaþjóðflokkanna eftir liðsinni við upphaf borgarastríðsins. Síðsumars árið 1861 náðu Sambandsríkin, samkomulagi við ættflokka Senaca, Quapaw, Shawnee, Choctaw, Chickasaw, Creek, Seminole, Osage, Arapho, Caddo, Comanche, Kiowa, Tonkawa og Wichita indjána. Ýmist fól þetta samkomulag í sér stuðning og liðveislu frumbyggjanna eða yfirlýsingu um hlutleysi þeirra. Gegn þessu var frumbyggjum heitið birgðum og vernd Suðurríkjanna auk þess sem þeir áttu ekki að þurfa að berjast utan indjánasvæðisins. John Ross (1790-1866) leiðtogi meirihluta Cherokeea beitti sér fyrir því að ættflokkurinn lýsti yfir hlutleysi. Innan ættflokksins hafði geisað borgarastríð í kjölfar þess að Bandaríkjastjórn rak þá af lendum sínum til indjánasvæðanna upp úr 1830 og hafði minnihluti frumbyggja séð hvað verða vildi og samið við yfirvöld. Meirihlutinn var hins vegar fluttur með valdi og miklu mannfalli. Kenndu þeir minnihlutanum um að hafa gert Bandaríkjastjórn kleift að reka þá á brott og tóku marga höfðingja minnihlutans af lífi í kjölfarið. Þá tók Stand Watie (1806-1871) við forystu hans. Höfðingjar Cherokeea samþykktu þó að veita Suðurríkjunum liðveislu þann 7. október 1861. Um annað var vart að ræða þar sem Norðurríkin höfðu hörfað með her sinn frá landsvæðum indjána og aðrir aðliggjandi frumbyggjaþjóðflokkar höfðu lýst yfir stuðningi við Suðurríkin. Enn fremur höfðu þau unnið mikilvæga sigra við First Manassas, Wilson's Creek og Bull Run í Virginíu. Síðast en ekki síst hafði Stand Watie þá þegar myndað hersveit til að berjast með Sambandsríkinu og getið sér gott orð í bardaganum við Wilson's Creek þann 10. ágúst. Fylgismenn Ross mynduðu því hersveit undir stjórn John Drews, en hatrið var slíkt á milli þeirra og sveitar Waties að ekki var unnt að láta þær berjast hlið við hlið.
Delaware þjóðflokkurinn, undir stjórn Black Beavers, lýsti yfir stuðningi við Norðurríkin 1. október 1861 og gengu nærri allir herfærir menn þjóðflokksins í bandaríska herinn. Kom því Bandaríkjaher upp 1. og 2. Heimavarnarliði indjána (e. Indian Home Guard) í upphafi næsta árs. Heimavarnarliðið innihélt hermenn frá ættflokkum Delaware, Creek, Seminole, Kickapoo, Seneca, Osage, Shawnee, Choctaw og Chickasaw. Síðar var herlið, skipað Delaware, Kickapoo og Shawnee indjánum, undir stjórn Ben Simons höfuðsmanns Delaware, viðriðið einhvern umdeildasta atburð stríðsins þegar það réðst á og rændi Indjánastofnun Sambandsríkisins í Wichita (e. Wichita Indian Agency). Í kjölfarið réðust þeir á frumbyggja hliðholla Suðurríkjunum. Yfirvöld í Norðurríkjunum hrósuðu Delawareum mikið fyrir framgöngu þeirra í bardögunum en margir hafa talið að þarna hafi verið um einhliða slátrun á varnarlausu fólki að ræða. Creek þjóðflokkurinn var klofinn i afstöðu sinni gagnvart stríðsaðilum. Gamli höfðinginn O-pothle-yahola réð því að norðurhluti Creek ættbálksins hélt tryggð við Bandaríkin en hins vegar studdi suðurhluti Creek indjánanna Suðurríkin undir stjórn Moty Kennard, Echo Harjo og bræðranna Daniel og Chilly McIntosh. Fljótlega skarst í odda milli ættflokkanna á indjánasvæðunum og Norður-Creek indjánar O-pothle-yaholas lögðu á flótta undan Sambandsríkjahernum og indjánum hans yfir til landsvæða Norðurríkjanna. Í kjölfar ófara Sambandsríkjahers, sem innihélt liðssveitir Cherokeea, gegn hersveitum Curtis hershöfðinga við Pea Ridge í Arkansas 7. mars 1862 gerðust þó flestir Cherokeear Drews liðhlaupar. Þeir gengu síðar í nýstofnaðar Heimavarnarliðssveitir indjána í Kansas undir stjórn Bandaríkjahers. Sennilega hefur einhverju ráðið um brotthlaup þeirra að Sambandsríkjaherinn beitti þeim utan indjánasvæðisins og braut þar með samning Suðurríkjanna við ættflokkinn. Í kjölfarið leyfði John Ross Norðurríkjaher að fanga sig og fylgdu fylgismenn hans honum til Kansas. Hann var fljótlega fluttur til Pennsylvaníu þar sem hann dvaldi til dauðadags og reyndi að sannfæra Bandaríkjastjórn um trúnað meirihluta Cherokeea við málstað hennar. Stand Watie varð við þetta óskoraður leiðtogi flokksins og beitti sér harkalega gegn Cherokeeum hliðhollum Bandaríkjunum. Hann var settur yfir Indjána riddaraliðsstórfylkið (e. Indian Cavalry Brigade) sem samanstóð af 1. og 2. riddaraliði Cherokeea og herfylkjum (e. battalions) Creek, Osage og Seminole frumbyggja. Sem herforingi þótti hann sérstaklega fær í skæruhernaði með því að gera leiftursnöggar árásir og láta sig svo hverfa áður en öflugur andstæðingurinn gæti brugðist við. Stærstu sigrar hans voru þegar hann klófesti gufuskipið, J.R. Williams, fullhlaðið af birgðum, við Pleasant Bluff í Arkansas 10. júní 1864 og í seinni bardaganum við Cabin Creek á indjánasvæðunum þar sem riddaralið hans klófesti stóra birgðalest andstæðinganna. Fyrir sigra sína var Watie gerður að stórfylkisforingja (e. brigadier general) í maí 1864. Sennilega var Watie færasti herstjórnandinn vestan Mississippi (e. Trans-Mississippi West). Hann reyndist einnig þrautseigasti hershöfðingi Suðurríkjanna því að hann gafst upp síðastur allra, nærri tveimur mánuðum eftir að Robert E. Lee hershöfðingi lagði niður vopn við Appomattox. Stand Watie er sennilega frægasti og um leið umdeildasti frumbygginn sem tók þátt í borgarastríðinu. Hernaðarafrek hans gerðu hann að þjóðhetju á meðal Suðurríkjamanna en fylgispekt hans við Suðurríkin er talin hafa kostað Cherokeea fjölda mannslífa og átt sinn þátt í vægðarleysinu sem frumbyggjum var oft og tíðum sýnd um og eftir stríðið.
Margir ættflokkarnir þóttu sýna mikið hugrekki á vígvellinum, svo sem Catawbar sem börðust í 5., 12. og 17. sjálfboðaliðssveitum fótgönguliða Suður-Karolínu í Sambandsríkjaher Norður-Virginíu (e. South Carolina Volunteer Infantry, Army of Northern Virginia). Þeir urðu hins vegar fyrir svo miklu mannfalli að ættflokkurinn dó nærri út. Legíon Thomasar (e. the Thomas Legion) barðist einnig fyrir Suðurríkin í fjöllum Tennessee og Norður-Karolínu þar sem hún gat sér gott orð. Nafn sveitarinnar var dregið af stjórnanda og stofnanda hennar, Williams H. Thomasar, sem var mikill velunnari Cherokee frumbyggja á svæðinu. En indjánar börðust ekki bara vel. Eitthvað bar líka á fornum hefðum og dæmi voru um að þeir tækju höfuðleður óvina sinna. Þetta olli mikilli úlfúð í fjölmiðlum og leiðtogar indjánanna reyndu að koma í veg fyrir þetta, eða að minnsta kosti leyfa það eingöngu í bardögum við aðra frumbyggja. Frumbyggjar þjónuðu ekki bara sem hermenn við víglínuna þótt þeir styddu annan hvorn hernaðaraðilann. Til dæmis voru Pamunkey og Powhatan þjóðflokkarnir sjómenn á skipum og fljótabátum fyrir Norðurríkin auk þess að vera leiðsögumenn og njósnarar. Af öðrum þjóðflokkum sem þjónuðu Bandaríkjum Norður-Ameríku má nefna Lumbee frumbyggjana, sem stunduðu skæruhernað, og ættmenn Iroquois þjóðflokksins sem börðust í K-undirfylkinu í 5. sjálfboðaliðssveit fótgönguliða Pennsylvaníu (e. Company K, 5th Pennsylvania Volunteer Infantry). Að auki þjónuðu margir frumbyggjar sem hermenn í liðssveitum litaðra í Bandaríkjaher (e. U.S. Colored Troops). Orðið litaður náði yfir bæði frumbyggja og blökkumenn og þeir voru því gjarnan settir saman í sveitir. Má sem dæmi nefna að margir af Pequot ættflokknum frá Nýja-Englandi börðust í 31. fótgönguliðshersveit litaðra (e. U.S. Colored Infantry) í Potomac hernum. Frægasta hersveit frumbyggja í Norðurríkjahernum á austurströndinni er sennilega undirfylki K í 1. skyttum Michigans (e. Company K of the 1st Michigan Sharpshooters) sem barðist undir stjórn Ulysses S. Grants hershöfðingja í Potomac hernum. Hún samanstóð að mestu af Ottawa, Delaware, Huron Oneida, Potawami og Ojibwa indjánum. Hún tók þátt í nokkrum bardögum og náði meðal annars 600 hermönnum Suðurríkjanna á sitt vald við Shand House, austan við Petersburg. Frægastur hermanna Norðurríkjanna af ættum frumbyggja verður að teljast Ely S. Parker (1828-1895) stórfylkisforingi. Hann var lærður lögfræðingur og var upphaflega neitað um inngöngu í Norðurríkjaher þar sem hann var frumbyggi af ætt Seneca. Hann náði þó að komast til metorða innan hersins og í starfslið Grants hershöfðingja. Þar starfaði hann sem einkaritari Grants og um tíma sem herráðsforingi hjá John E. Smith stórfylkishershöfðingja. Hátindi ferils síns náði Parker þegar hann samdi uppgjafarskjalið sem Robert E. Lee hershöfðingi Suðurríkjanna undirritaði í Appomattox dómhúsinu 9. apríl 1895. Í kjölfarið var hann gerður að stórfylkisforingja. Grant er sagður hafa sagt við Parker við Appomattow: „Ég er ánægður að sjá raunverulegan Ameríkana hérna” sem Parker svaraði: „Við erum allir Ameríkanar.” Þeir Grant virðast hafa náð vel saman því síðar varð Grant svaramaður Parkers þegar hann giftist. Gert er ráð fyrir að um 20.000 indjánar hafi tekið þátt í borgarastríðinu beggja vegna víglínunnar, þar af er talið að 3.600 þeirra hafi gegnt herþjónustu fyrir Bandaríkin. Af einstökum ættflokkum voru Cherokeear sennilega sá öflugasti sem blandaðist í borgarastríðið. Ættflokkurinn varð þó fyrir hroðalegum skakkaföllum. Hann taldi um 21.000 manns við upphaf borgarastríðsins en við lok stríðsins hafði þeim fækkað niður í 15.000. Einstök ríki Suðurríkjanna urðu ekki fyrir jafnmiklu manntjóni hlutfallslega. Að auki var allur þjóðflokkurinn úrskurðaður fjandsamlegur vegna stuðnings Waties við Suðurríkin og miklar þrengingar biðu ættflokksins eftir stríðið. Heimildir og myndir:
- Fort Ward. Museum and Historic Site. Skoðað 9.9.2004.
- History of the Cherokee. Skoðað 9.9.2004.
- The Civil War in Indian Territory. Skoðað 9.9.2004.
- Native Americans. Skoðað 9.9.2004.
- Shotgun's Home of the American Civil War. Skoðað 9.9.2004.
- About North Georgia. Skoðað 9.9.2004.
- Wikipedia.com - Indian wars. Skoðað 9.9.2004.
- Wikipedia.com - Stand Watie. Sótt 13.7.2010.
- Wikipedia.com - Ely S. Parker. Sótt 13.7.2010.
Börðust indjánar í Þrælastríðinu, 12. apríl 1861-9. apríl 1895?