Fyrsta opinbera talningin á hreindýrum var haustið 1939 en þá fór Helgi Valtýsson að tilstuðlan Viðskiptamálaráðuneytisins ríðandi í Kringilsárrana til að telja hreindýr. Þann 22. desember sama ár voru samþykkt lög frá Alþingi þar sem heimilað var að skipa sérstakan hreindýraeftirlitsmann og skyldi hann meðal annars fylgjast með fjölda og dreifingu dýranna. Friðrik Stefánsson bóndi á Hóli í Fljótsdal var ráðinn fyrsti hreindýraeftirlitsmaðurinn. Fór hann ríðandi um Fljótsdalsöræfi næstu tíu árin og taldi hreindýrin. Ekki var talið árin 1951-1953 en Friðrik taldi aftur árin 1954-1955. Árið 1956 var flugvél notuð í fyrsta sinn við talninguna og hefur það verið svo síðan. Fyrstu árin var um heildartalningu stofnsins að ræða þar sem öll dýrin dvöldu í sumarhögum í nágrenni Snæfells. Eftir því sem dýrunum fjölgaði og þau dreifðust meira um Austurland náði talningin til minni hluta heildarstofnsins. Ástæða þess að dýrin voru ekki talin á öllu svæðinu var sú að erfitt og hættulegt gat verið að leita þeirra í þröngum dölum Austfjarðafjallgarðsins úr flugvél. Árið 1981 var skipulögð heildartalning með aðstoð eftirlitsmanna hreindýranna. Auk hefðbundinnar talningar úr flugvél á Fljótsdalsöræfum töldu eftirlitsmenn á öllu Austurlandi hreindýr í sínu sveitarfélagi. Hreindýrin heyrðu lengst af undir Menntamálaráðuneytið sem kostaði talningu þeirra. Með stofnun Umhverfisráðuneytisins árið 1990 vistuðust hreindýrin hjá Veiðistjóraembættinu sem sá um talningar þar til vöktun stofnsins var flutt til Náttúrustofu Austurlands árið 2000.
Frá og með 1991 hafa hreindýr verið talin tvisvar á ári, það er í flugtalningu á Snæfellsöræfum í júlí og vetrartalningu á öllu Austurlandi í mars þar sem talningarmenn í hverju sveitarfélagi, þar sem hreindýr ganga, telja dýrin með hjálp tiltækra ökutækja. Í stuttu máli fara hreindýratalningar þannig fram í dag að í júlí er flogið yfir Snæfellsöræfi, hreindýrahjarðirnar myndaðar og síðan talið af myndunum. Þar má greina á milli fullorðinna dýra og kálfa. Náttúrustofa Austurlands skipuleggur síðan aðra talningu í mars, sendir völdum talningarmönnum eyðublöð til útfyllingar og upplýsingar um hvenær eigi að telja. Talningarmennirnir hafa viku til verksins og hafa þeir samráð sín á milli til að fyrirbyggja tvítalningu. Á heimasíðu Náttúrustofu Austurlands www.na.is má finna hreindýratalningarskýrsluna frá 5. júlí 2002 auk annars fróðleiks um hreindýr.